Но наутилус не стоит ибо можно забыть в каком окне чего (
В этом плане Ubuntu с Unity вам поможет не забыть, так как у неё все графические приложения от root работают без поддержки глобального меню, и некоторые GNOME приложения выглядят иначе, видимо не применяются Ubuntu специфичные патчи для Unity окружения. Всё это выглядит как bag, но помогает не потеряться. В других DE, в том числе с GNOME, всё это хозяйство выглядит одинаково, и надо быть действительно внимательным.
если в директории пользователя нет какого-то конфига или файла, что нужен для работы того или иного ПО, то создастся с правами рута и потом пользователь будет спрашивать, а чего это
Я понял. Но таких проблем у меня не было никогда, видимо из а того, что от root в nautilus всегда выполнялись базовые операции, которые ранее уже выполнялись от пользователя. Но спасибо, ходил по лезвию бритвы, и ни разу не упал... повезло.