Если как вариант попробовать после запуска Xubuntu выполнить
umount -a
mount -a
вроде так, если не ошибаюсь размонтировать - смонтировать все разделы прописанные в fatab, естественно что раздел / отмонтирован не будет. Щас проверить сам не могу. А так можно попробовать, если сработает, может скрипт и в автозапуск