В далёкие времена, когда я страдал линуксом на десктопе, то вопрос переустановки системы был решён полностью /home на отдельном разделе, и двумя командами, которые доустанавливали всё, что мне нужно, в минимальную установку. (Две потому, что в какой-то момент надо было зачем-то перегрузиться, уже не помню почему).
После чего получал на выходе полность «свою» систему.
Возник гораздо меньше, чем вылавливание глюков