То бишь мне надо попробовать стандартной утилитой форматнуть полностью флешку?
Нет.
Я так понял- на флешке у тебя записан образ Ubuntu, который ты хочешь установить. Если система с нее запускается, то флешку пока "исправлять" не будем.
Проблема с винтом - дескать гпартед говорит что на нем сектора разных размеров (512 и/или 2048). Верно?
То, что я предложил - нужно проделать с винчестером. Либо медленное форматирование, либо обнуление с помощью dd.