Такая же фигня. Нет звуков на входящие, когда окно чата закрыто. Когда окно открыто - звуки, соответственно, есть.
Чекбокс "Звуки, когда окно беседы в фокусе" никак не влияет на проблему
"Включить звуки" - выбрано ВСЕГДА
"Метод" - Автоматически
Проблема давняя, от версии к версии. На данный момент - Pidgin 2.7.10 (libpurple 2.7.10)