Заметил неприятную особенность работы yandex-disk на Btrfs, при каждой загрузке ПК происходит полная проверка файлов, видимо yandex-disk для контроля необходимости проверки использует какие-то свойства доступные на xfs (уверен, что и с ext4 все норм) и недоступные на Btrfs (либо, что вероятнее, просто не научили yandex-disk работать с Btrfs).
Также, ранее наблюдал подобную проблему при размещении папки яндекс.диска в сетевом хранилище, подключенном через fstab.