расширение однозначно указывает на тип файла, в Linux же исполняемым можно сделать и файл vasily.txt
Можно. За то, что делать с файлом отвечает в *NIX системах хедер и хендлер. И тут расширения более для удобства пользователя)
это команды, которые следует выполнить в терминале?
Да.
Я не знаю некоторых элементарных умолчаний, принятых в Linux
Ну они приняты во всех nix системах: GNU/Linux (ос на ядре Linux), *BSD, MacOS =)
Расширение sh (или другой), если в начале есть строка по типу #!/тут/путь/к/обработчику указывают, что файл должен быть исполняемым (это будут просто аналоги .bat файлов DOS, и написать их можно на куче интерпретируемых языков (да, bash/sh/dash/csh/zsh называются shell, но в то же время являются интепретаторами)
P.S. И на будущее: если возникают проблемы - попытайтесь сами прочитать логи, в них зачастую пишется причина и очень часто и решение. Если вы не совсем разбираетесь в них, или вопрос не касается логируемых ошибок - предоставляете лог и более полное описание проблемы, с указанем рабочего окружения и ДЕ (это на много упрощает разбор "полетов").
P.P.S. Измените название темы) Хотя бы на "Не запускается Transmission", так как Вы уже поняли, к правилам фаервола это не имеет никакого отношения