Это довольно частое явление, причём не только в Gnome, но и во всех DE. Это зависит не от DE, а от самой конкретной программы, от того, насколько корректно или не корректно она наследует параметры системной цветовой схемы. (Увы, не все программы разработчики тестируют на совместимость с тёмными темами).
Устанавливая "тёмные" темы, нужно быть готовым к тому, что в некоторых отдельных программах увидишь (точнее,
не увидишь) тёмный шрифт на тёмном фоне и белый шрифт на белом фоне...