xf∞, во-первых большое спасибо за терпение и помощь
Статью по ссылке нашёл на другом ресурсе (она, кстати, реально не грузилась, браузер не мог найти сервер), выполнил рекомендации, но со скайпом ситуация не поменялась. Однако в других приложениях проблема с отображением отсутствует. И то хорошо.
По поводу иконки меню. Сделал иконку размером в 1 пиксель - полностью прозрачный. Но помогло это плохо. Иконки вроде как и нет, но есть пустое место перед меню размером с бывшую иконку.
Апплет погоды переустановил (после удаления чистил настройки и удалял пакеты) - не помогло.
Компиз. Пакеты вроде все стоят. Дома проверю. Спасибо.
VLC разворачиваю по двойному клику в самом окне - как это делал всегда и везде