В каком режиме установлены Windows и Ubuntu? Если в UEFI, то проблем быть не должно и Ubuntu не должна "пропасть", возможно она переместилась на второе место в списке загрузки.
Если в Legacy\CSM, то скорей всего неправильно установился GRUB "от Android". И тогда нужно восстановить GRUB "от Ubuntu".