Больше времени уйдёт на то, чтобы вернуть все приложения и в тот вид
Перед тем как что-то изменять в следующий раз сохрани из Home папку с конфигами и проще вообще не иметь отдельного раздела Home, тем более ещё и при наличии винды. Она из раздела Home всё-равно ничего не увидит. Для соместного пользования нужен раздел в ntfs, в котором будет сохранятся скачанное с сети, фоты, видео, документы. Браузеры в обеих ОС настроить на этот раздел. Получится, что в корне ubuntu будет лежать относительно не большая папка Home, где твои настройки приложений и в винде нужно оставить только систему, никаких там документов типа видео, музыки и прочей фигни.
Лично я держу у себя папку с "дебками" моих привычных приложений. Например устанавливаю плеер deadbeef, запускаю разок. В папке с конфигами появляютсы файлы приложения, моментом меняю их на сохранённые и получаю плеер со всеми своими плейлистами, настройками цвета интерфейса и проч. Тоже например касается и conky, ставлю с дебки, запускаю, в папке Home, в конфигах появляется conky, помещаю туда свой конфигурационный файлик и вот уже у меня conky на рабочем столе на привычном месте, уже настроенный. Всё это не сложно, делается в несколько минут.