Когда у меня стояла подобная задача - решал с помощью пхп скрипта который выполнялся в кроне, ибо очень легко можно было выводить логи об исполнении.
делаешь
# chmod +x test.php
в самом скрипте самое главное что бы не было лишних пробелов, отступов за пределами <? и ?> и надо указать путь до пхп:
#/usr/bin/php5
<?
.....script....
?>
проверяешь скрипт на запуск:
# php5 test.php
при первом запуске если нет дополнений для пхп, оно руганется и скажет что тебе надо доставить
потом
# crontab -e
пишешь там нечто типа
* */12 * * * php5 /home/user/test.php
все, готово