Перестал корректно работать.
Сначала возникла проблема с папкой Входящие в thunderbird - не отображались письма - количесто писем отображалось, а самих писем не видно. Нажал в настройках "Отремонтировать папку" - письма в thunderbird появились, но birdtray перестал их видеть.
После переустановки birdrray перестал отображаться на панели - а это и есть его предназначение - отображаться на панели и мигать при получении писем.