А это - ещё один "баг", который был ещё в ubuntu 14.04. Если поменять дефолтную переключалку "Вин+Спэйс" на другую, то начинали путаться "хоткеи" и терялась не только возможность переключать раскладку, но и возможность вернуться на дефолтную (по-крайней мере, так сработало у меня). Однако, у некоторых людей альтернативная переключалка работала и у одного человека отвалилась как-раз тогда, когда компьютер включился с "не той" раскладкой (было сообщение на этом форуме, но сейчас не найду).