Боюсь, что добавленные конф.файлы в /etc/apt/ ему мешают. попробуйте их удалить для пробы.
Кстати, один из них по любому лишний (запоздалый ответ на Ваш вопрос). Скорее всего друг-другу они не помешают, но я бы для однозначности один исключил.
Пользователь решил продолжить мысль 15 Ноября 2011, 18:59:01:
Кстати, при установке системы и первичной конфигурации apt, если задать прокси, то настройки попадают именно в /etc/apt/apt.conf
Но проверялось это только на 10.04. Как в последних версиях - не знаю, не проверял