У меня ноутбук Fujitsu-Siemens Amilo Pa-1538, наушники и колонки работают абсолютно корректно (Ubuntu/Kubuntu с версий 7.04 и по 9.04 (alfa естественно), OpenSUSE 11.1, FreeBSD 6.0-7.1). Просто в этом ноутбуке классический разъем для наушников с механическим контактом на отключение встроенных динамиков. А вот у жены ноутбук Toshiba U300-131. При покупке на нем стояла Vista и все работало отлично. Естественно Vista была очень быстро снесена и поставлена Ubuntu (8.04 еще тогда, сейчас 8.10, 9.04 alfa 6 тоже пробовал). И вот тут то выяснилось, что на этом ноутбуке в разъеме нет механического контакта! Факт подключения наушников определяется сопротивлению меньше 100 Ом (если точно вспомнил) электроникой. Причем с такими разъемами я уже сталкивался раньше, но только на видеокамерах (Panasonic). И получалась такая ситуация, что если при загрузке наушники уже были подключены, то звук идет и в них, и во встроенные динамики. Vista при загрузке как то проверяла это факт и отключала встроенные динамики, а Ubuntu нет. Пробовал OpenSUSE, но все было точно так же. Никакие шаманства не помогали, хотя перекопал кучу вариантов с разных форумов. Но если наушники подключить к уже загруженному ноутбуку (причем надо уже быть и залогиненным), то звук начинает идти только в наушники, а колонки отключаются (скорее всего аппаратно звуковой картой, раз нет механического контакта). Помогает и простое отключение наушников на 1-2 секунды и их повторное подключение. В ноутбуке стоит 965 чипсет с уже упоминающимся тут ICH8. Могу предположить, что механический контакт отсутствует не только в этом ноутбуке. Так что отключение/подключение может помочь. Понятно, что решение кривое, но другого пока найти не смог.
P.S. На этом ноутбуке еще глючит колесико регулировки громкости (аппаратное). Что бы избавиться от глюков надо просто сменить горячие клавиши регулировки на любые другие. Колесико просто перестанет работать (и глючить соответственно).