1. Остановите mysql - sudo service mysql stop
2. Запустите из терминала mysql вот таким омразом - sudo /usr/bin/mysqld_safe
Если после этого, рестарты прекратятся, то я пришлю вам системный скрипт запуска mysql в стиле SystemV,
Рестарты, по моему связаны с глюками нового upstart в связке с apparmor
3. Ещё, на всякий случай можно проверить cron -
awk -F: '{print $1}' /etc/passwd | xargs -n 1 -i sudo crontab -u {} -l