проще будет взять жесткий диск и перенести всю важную информацию на него, не стоит переносить приложения из одной ubuntu в другую, конфликт неизбежен. Вы сделайте список ПО, которым вы пользуетесь и после до установите его, после чистой установки. Я так делаю всегда, настройка не занимает больше полу часа, после свежей установки.