shaulyn, бакула сама не умеет удалять файлы. Единственное, что она может со старым файлом сделать полезного — удалить старое содержимое и использовать для нового джоба. Но надо учесть, что:
1. В файле не должно быть свежих бэкапов. Поскольку бакула перезаписывает файл целиком, это сможет произойти только когда все бэкапы в файле протухнут. Хорошей практикой считается в одном файле хранить только один бэкап (т. е. сегодня пишем в один файл, завтра в другой).
2. В файле может вообще не быть бэкапов, про которые знает бакула. Если, например, руками удалять джобы и волюмы из БД бакулы, и записей об этих файлах в БД не осталось, то пользы от них уже никогда не будет. Надо взять и удалить.
3. На процесс влияет ещё тысяча настроек и когда-либо вводимых в bconsole команд.
Из-за таких приколов у меня к бакуле был целый ворох shell-скриптов (ныне утраченных вместе с той работой), который наводил порядок и затыкал дыры в логике бареоса (та же бакула), в том числе искал осиротевшие и застрявшие файлы. У самой бакулы с рулением файлами всё плохо, и не надо считать её умнее себя.