Если задача стоит в том чтобы полностью таскать с собой свое рабочее пространство со всеми настройками... то почему бы и нет.
Из негативных последствий:
надежность сомнительна, ИМХО... У меня они при отключении еще клацают так неприятно... ну, живут вроде
внешний диск чаще перемещается в пространстве в рабочем состоянии, что на его надежности опять же сказывается
плюс кабель - дернешь слегка и какая-нибудь инфа сдохнет.
Так что из неприятных вещей - только механика
Можно в папку /home, которая в корневом разделе создать пользователя с минимальными настройками, чтобы система и без внешнего диска работала.