Почему не запускать демон от пользователя, ежели используется пользовательская директория хранения?
sudo service transmission-daemon stop
sudo nano /etc/init/transmission-daemon.conf
start on (filesystem and net-device-up IFACE=lo)
stop on runlevel [!2345]
# give time to send info to trackers
kill timeout 30
setuid имя_пользователя
setgid группа(как правило совпадает с имя пользователя)
сохраняем,
переносим конфиг к пользователю:
mkdir .config/transmission-daemon # команда из home директории
cp /etc/transmission-daemon/settings.json .config/transmission-daemon/
указываем использовать этот конфиг:
sudo nano /etc/default/transmission-daemon
видим такой текст, в нем указываем путь к новому конфигу:
# defaults for transmission-daemon
# sourced by /etc/init.d/transmission-daemon
# Change to 0 to disable daemon
ENABLE_DAEMON=1
# This directory stores some runtime information, like torrent files
# and links to the config file, which itself can be found in
# /etc/transmission-daemon/settings.json
CONFIG_DIR="/home/имя_пользователя/.config/transmission-daemon/"
Сохраняем, запускаем
sudo service transmission-daemon start
Не забываем, что изменения настроек в settings.json при запущенном демоне перезатрутся на предыдущий при перезагрузке демона (то есть вообще не примутся).
То есть надо сначала остановить сервис, сделать изменения в settings.json, затем запустить сервис.