Значит у тебя Windows стоит на диске D?
Если так, то не удивительно.
Например.
Если у тебя было два раздела fat32 (C,D).
На диск D ты установил винду, а C заточил под UBUNTU
То загрузчик окажется в ауте - по дефолту он лежит(ал) в разделе диска C (или винта подключенного как MASTER).
Поэтому есть два варианта:
1)Гугл по сайту - уже не раз обсуждалось как востановить windows
2)Снести и поставить все еще раз!