Никогда не пользовался Theme Configuration
Но судя по содержанию gtk.css именно там он и хранит свои настройки.
Непосредственно цвет задан в строках, которые начинаются с
@define-colorКак изменить цвет разделителей меню?
Если я правильно понял то можно попробовать добавить в конец gtk.css
@define-color base_n_br #ff0000;
.menu .separator,
.menu .separator:insensitive {
color: @base_n_br;
}
только цвет поменять.
Как изменить цвет кнопок управления окном?
Зависит от того кто заправляет декорациями окон metacity, emerald, unity или что-то другое. Вот в ту сторону и копать.
Похоже у вас это unity, правда я уже почти не пользуюсь ubuntu и не в курсе последних тенденций, могу ошибаться.
Может, кто компетентный подскажет точнее.