Нету особой разницы. Если делать
# dd if=/dev/sdb3 of=/dev/sdc3 bs=4096 conv=noerror
должно все сразу работать. Разумеется, размер раздела
/dev/sdc3 должен быть равен либо больше, чем размер раздела
/dev/sdb3Если простым копированием\архивированием делать, то нужно будет поправить fstab и grub.cfg.
Я у себя вообще давно бросил копированием заниматься, копирую только хомяк и некоторые конфиги из /etc, а систему просто переустанавливаю.