Ставь себе Kate, он умеет нормально работать с разными кодировками.. Ну или поставить и использовать recode..
Примерно так: recode cp1251..utf8 нужный_файл
Хотя не факт, что у тебя в .sql файле кодировка cp1251.. Одним словом: проще поставить Kate, понять, что за кодировка, и сохранить в нужной кодировке (через Сохранить как..)