А разве имя пользователя root указывается при установке? Там же только пароль надо ввести.
Я в своё время делал так (хотя и по другой причине - доэкспериментировался).
1. Сохраняем сами базы данных, они находятся в /var/lib/mysql, при этом базы mysql и information_schema (если она есть, создаётся не всегда) сохранять не нужно. Одна папка соответствует одной базе данных.
2. Удаляем mysql:
sudo apt-get purge mysql
3. Подчищаем вручную папку /var/lib/mysql, если там что-то осталось. Обязательно надо удалить в ней папку mysql.
4. Устанавливаем mysql с нуля, при этом указываем пароль для root.
5. В папку /var/lib/mysql переписываем базы данных, сохранённые в п.1, после чего устанавливаем владельцем mysql, а права - как на остальных БД.