сейчас после перезагрузки работает или не работает?
тут вообще может быть несколько причин
1) может не до конца прописал блэклист, посмотри через lsmod, что-нибудь связанное с ath есть?
2) надо посмотреть, что там лежит в /etc/ndiswrapper/. может что-то лишнее осталось от старых драйверов
3) посмотреть на /etc/modprobe.d/ndiswrapper.conf (или как он там зовется), есть ли что-то лишнее, если есть - убить и снова сделать ndiswrapper -m
4) после этой чистки еще раз проделать depmod -a
еще лично у меня была такая беда: ndiswrapper нормально поднимался только каждую вторую перезагрузку. перезагружаюсь - wlan0 нет, еще раз перезагружаюсь - есть, снова перезагружаюсь - нет и т.д.
вылечил, прописав выгрузку ndiswrapper из ядра при перезагрузке: т.е. засунул modprobe -r ndiswrapper в скрипты для перезагрузки. не знаю куда засовывать такое в убунте (я на арче), но какое-то место точно должно быть