frollog,
Бэкап и система, подходящая для переноса - это разные вещи.
Для бэкапа как раз делайте образ диска.
А системные файлы, которые можно загрузить на другой машине, я обычно готовлю с помощью rsync.
Потом нужна правка fstab и grub
Ну и поскольку у вас сервер, возможно ещё сетевые настройки.
Если поясните, где лежат данные, которые не нужно копировать, могу свой скрипт подправить для вас.