А Ваш совет с исключением файлов, это через - - exclude?
Нет, это через настройку rsync на обход каталогов, заведомо вызывающих проблемы.
Если, конечно, заранее известно, что подобная ситуация нормальна.
Например, у меня сейчас на деплое постоянно одна ошибка выпадает, но я её игнорирую, так как после переписывания движка этот файл использоваться не будет и ошибка "сама" уйдёт.
P.S.
LESS=+/\.rsync-filter man rsync
Но только если это ДЕЙСТВИТЕЛЬНО нужно.