Под "копиями" ты имеешь ввиду реальные копии VM с VHD или "снапшоты"?
Снапшоты это штука такая себе, для тестовой среды еще куда не шло, а в реальной продакшн работе от нее нужно бежать без оглядки сверкая пятками!
Вообще на будущее нормальный бэкап полной ВМ нужно делать (Veeam Agent for Linux Free умеет это делать) и я бы делал ВМ с минимум двумя дисками. На одном система, на втором данные и базы (в идеале конечно же вообще все разносить и не только на разные VHD).
При восстановлении, если, к примеру, что-то с системой, а данные на отдельном диске целые - подцепляешь ранее забэкапленный VHD с системой вместо того, что с помершей - и погнали. Минимум времени простоя.
В Veeam Backup & Replication вообще есть такая фича, что даже не перенося VHD с хранилища можно запустить ВМ....