То есть пока дискету не вставил система не запустится
Навскидку два простых варианта:
1. Создать на дискете раздел. Прописать этот раздел в fstab. Пока дискета не вставлена - систему будет не загрузить.
2. Вынести на дискету системный загрузчик, о чем уже ранее писал
SergeyIT.
Оба механизма при желании и сноровке обходятся. В качестве защиты подходят только разве от домочадцев (ребенку не дать поиграть и т.п.). Опишите конкретный сценарий, для которого хотите применять такую ключ-дискету, - может и чего более толкового посоветуют. Ну и следует понимать, что дискеты потому и отошли в прошлое, что не надежны. Что планируете делать, если дискета "прикажет долго жить"? Ждем следующую тему из разряда "сломался ключ - как спилить замок"?