Что такое ДЕ? Стоит Ubuntu Gnome 14.10, до этого стояла оригинальная Ubuntu 14.10 с отдельно поставленным гномом и там тоже самое.
Проблема в том, что в gnome-tweak-tool в разделе Desktop нет пункта "have file manager handle the desktop", который как я понял является единственным решением это проблемы.