15K заметок это не стандартная ситуация и она требует продуманного решения. Сейчас я использую dokuwiki. Из недостатков - это сложнее настроить, преимущества и как я к этому пришел - ниже. Что такое графическая сеть слов незнаю, но для dokuwiki много разных плагинов, может и можно такую построить. Предлагаю свой опыт, возможно стоит обдумать это направление.
Часть моей работы писать техническую документацию по разрабатываемому нами ПО + руководства по решению разных проблем в процессе его эксплуатации. При этом работаем тесно с другими компаниями, у которых тоже своё ПО и свои проблемы. Короче мне надо было вести заметки по принципам:
1) увидел что полезное - записал
2) просмотрел что записано, обобщил
3) посмотрел что обобщено, сделал доку
4) переделал доку
5) и все по кругу
И вот как получилось у меня:
1) Я начал с использования tomboy, потом перешел на gnome по религиозным соображениям.
2) Заметок все больше, иногда надо прибавить скриншот свой, чаще чужой, картинки, диаграммы. Размещал на хостинг, ставил ссылки.
3) стали появляются статьи, обобщения - писал в odf, заливал на сервер, ссылки
4) заметок все больше, темы все шире, писать одному тяжело. При копипасте не поддерживается форматирование и подсветка синтаксиса. Кол-во заметок дошло до 1К
5) попробовал использовать vim c personalwiki. Тяжело, недостатки те же - картинки, файлы прикладывать тяжело.
6) возникла необходимость делится написанным с коллегами и пользователями. Переделывал заметки, выкладывал на joomla сайт (уже был)
7) решил попробовать использовать wiki. Выбрал dokuwiki. Установил локально на свой комп. Потребовалось поставить apache установил и его. Все через apt-get без лишних плясок обошлось.
все стало работать отлично, заметок, статей и т.п. короче объектов стало 2К
9) коллеги стали читать, пользователи тоже. Кто локально не мог (я пробросил нестандартный порт), тому выгружал в odt (есть такой плагин для dokuwiki, сохраняет в odt одним нажатием)
10) заметок все больше, коллеги и пользователи читают, немного правят, возникла необходимость не выключать комп вообще
11) перенес все в инет, получилось очень просто - скопировал все по ftp, выставил права несколькими командами через ssh
12) возникла проблема с правами - есть мои заметки, есть статьи для пользователей, есть для коллег. Все решил стандарными средствами dokuwiki очень быстро.
13) теперь много полезного хранится, нужен backup и чистка от мусора - на сайте dokuwiki все скрипты уже готовы, зашел выполнил на сервере и все ок.
Имеющимся решением я очень доволен: маленькие заметки - хорошо (немного сложнее чем в gnote, зато потом их проще использовать), форматирование отлично, возможность делится с другими - отлично, + картинки, видео, файлы. Совет - чтобы попробовать как это будет работает можно взять бесплатный аккаунт на hostinger.ru, поставить у них dokuwiki (там установка из их панели) - если не понравится, то все заметки можно перенести к себе (они txt файлы), если понравится то продолжать.... Dokuwiki выбрал т.к. заметки можно переносить простым копированием (там нет БД) и обрабатывать скриптами как обычные текстовые файлы.