Попробуй просто запустить Notepad++ от своего пользователя, выбрать Файл-Открыть и указать каой-нить текстовичок в пределах установочной папки Notepad++.
Есть подозрение, что его ты сможешь сохранить.
Тогда копать в сторону создания диска вайн в нужной папке.
ЧТо именно по моим рекомендациям было проделано?
Какой вайн? Какой Notepad++? Какая Ubuntu? Что выводится в консоли, если notepad++ запустить из нее.