"Кто на ком стоял? Потрудитесь излагать ваши мысли яснее."
установить setup на ubuntu
а работать с тем что получилось на винде
Раз спрашиваете, то нет.
Во первых. Windows не понимает и, соответственно, не умеет работать с файловой системой линукс.
Во вторых. Если вы не можете запустить программу в родной для нее среде, то почему решили, что ваших талантов хватит, чтобы запустить ее в совершенно чуждой системе.
Хотя в теории возможно, запустить установку под wine в ubuntu, но сделать так, чтобы файлы программы попали на Windows раздел. Но даже в этом случае, шанс, что программа заработает, меньше, чем если ее сразу установить в Windows.