Бекап всего полезного на внешний накопитель (можно и в облако закинуть а не на флешку). Потом переустанавливаете винду и
восстанавливаете груб - все должно ожить.
Переносить систему целиком на флешку только как на бекап устройство - ИМХО - не разумно.
Я бы сделал просто бекап, в отдельный файл образа или несколько файлов.
Если лень настраивать заново систему - то тогда бекап всего системного раздела и хомяка (если он отдельно) сделать можно clonezilla-ой.
Образ в облако или на флешку (если влезет). При необходимости потом можно все восстановить. Но GRUB возможно восстанавливать все равно придется отдельно.