garoda,
Для таких целей я бы посоветовал поставить систему на btrfs или сконвертироваться в Btrfs.
Тогда такое резервное копирование будет занимать секунды, а восстановление пару минут, так как нужна будет загрузка с Live CD.
Также перед любой сомнительной операцией можно будет сделать снапшот, и если что вернуть.
Такой способ не годится на случай выхода из строя диска, но для сохранения состояний - что доктор прописал.