Synaptic тут абсолютно ни при чем.
Система какая?
Если решать вопрос радикально, то надо зайти от рута в
/etc/xdg/autostart/
найти и удалить оттуда переименовать файл update-notifier.desktop
Вообще, там, в автозагрузке, еще много мусора, который грузит тебе систему.