Это я так понимаю в терминале вписывать ?
Где угодно, откуда есть доступ к командному интерпретатору.
Что именно писать: "cp /home /media/Backup1 -a" ?
Перво-наперво,
man cp и читать до посинения.
С лайв сд загружаться или мона так прям из системы ?
Как вам будет угодно. Но чтобы не насобирать всякой шняги, лучше делать это не из самой системы.
А ГПартем так незя ?
Говорят, можно. И в каких-то версиях бубунты и правда было можно. Только сейчас раздел оказывается пустым, если операция вообще проходит без ошибок.