хм
я даже затрудняюсь придумать как вам организовать массив
пользовать рэйд тут опять же разношорстные hdd и свои проблемы, либо терять место и получать "бэкап" либо меньшую стабильность и весь объём, можно конечно и другие уровни попробовать и это видимо один из реальных путей
конечно можно и разделить их вообще, но тогдане очень удобно будет использовать т..к объём разделён
вы для начала проверьте на ошибки диск тот который норовит вылетать, просто может есть с ним проблема и он привносит проблемы тому который с Ubuntu, они же на одной логике висят я так понял, сбоит один и проблемы кидает другим
p.s. я конечно далеко не гуру в этом, но вот так вижу