Хочу заметить, что amdgpu-pro с сайта amd - это набор библиотек, расширяющих функционал драйвера, однако сам модуль amdgpu является свободным и уже присутствует в системе. Для его работы набор с офсайта не обязателен, нужно установить ксорговский драйвер из реп xserver-xorg-video-amdgpu, а также libgl1-mesa-glx для поддержки аппаратного ускорения и mesa-vdpau-drivers для того же самого; плюс заблеклистить radeon и (возможно) жестко назначить amdgpu видеодрайвером.
К слову, весьма вероятно, что "логотип и мерцания" - это как раз следствие отсутствия radeon в блэклисте.
Я пробовал ранее заводить amdgpu. Все пакеты в системе есть, xorg писал для amdgpu, только точно не помню добавлял ли radeon в blacklist, но тогда что-то не пошло, к сожалению не помню даже, то ли все-равно radeon заводился, то ли просто графику терял. Скорее всего 2-е.
Возможно когда я пробовал amdgpu ещё не работал с gcn1.1. Его сначала сделали для 1.2 и 1.3. Вообще в планах добавить поддержку даже 1.0 (т.е. HD 7xxx).
Что касается скрипта от AMD, да это набор библиотек и скрипт, который все это ставит и настраивает, т.е. не нужно ничего в ручную писать в xorg и добавлять в blacklist. Т.е. автоматом заводится amdgpu, вместо radeon + набор библиотек от AMD, а это важный момент, в этих библиотеках сила и возможности которых нет в открытом.