можно так же при создании виртуального диска (если нужен только он) указывать расположение где он будет находится (например другой раздел).
так же можно их переместить их из ~/.VirtualBox/имя-виртуальной_машины
А уж в настройках виртуальной машины, можно будет подключить виртуальные диски, указав их место расположение.
Или же переместить папку ~/.VirtualBox куда тебе нужно (например в папку /media/mount_disk), и создать на неё символьную ссылку (ln -s /media/mount_disk/.VirtualBox ~/.VirtualBox)тогда вообще ничего настраивать не придется, Vbox сам подхватит вс настройки.