Первая команда необходима для компилирования CUDA в сторонних программах при начальной инициализации и загрузки ядра CUDA. Проще говоря, перед запуском программы, использующей технологию CUDA необходимо ей сообщить, что она должна использовать CUDA 5.0 с компилятором gcc-4.6.
Вторая команда необходима для возврата компилятора, который стоял в системе по умолчанию (в Ubuntu 12.04 12.10 13.04 - gcc-4.7, в Ubuntu 13.10 - gcc-4.8 ). Если не выполнить данную команду, возможно возникновение проблем с обновлением системы и установкой новых (свежих) программ и драйверов.
Выполните эти две команды в обязательном порядке, если не хотите проблем с обновлением системы и установкой программ и драйверов.
Собственно осуществить проверку можно в программе, которая являлась целью использования технологии CUDA. Иначе устанавливать CUDA, не используя его, не имеет смысла.
Выше я писал примеры использования. Советую обратить внимание.
...
У меня стоит CUDA на Ubuntu 13.10 x64, работает на видеокарте NVIDIA GeForce GTX660. Использую для параллельных вычислений в проекте BOINC, а также для рендера в программе Blender. Производительность по сравнению с ЦП (у меня AMD Phenom II 1055T X6 @ 3.3 GHz) увеличивается приблизительно в 6 раз. Также имеется видеокарта NVIDIA GeForce 9600GT, она работает хуже по сравнению с ЦП примерно в 1,5 раза и по сравнению с GTX660 - в 11 раз.
...
Для проверки работы можно скомпилировать примеры из пакета установки.
Как их скомпелировать и запустить смотрите в
[HOWTO] Установка CUDA Toolkit и драйвера NVIDIA для разработчиков 4 пункт.
Если появятся вопросы, обращайтесь.