Подмонтируйте сервер утилитой sshfs и копируйте в том числе межхостово
и редактируйте файлы сервера как своем компьютере
также как и любые другие на своем собственном хосте.
Т.е. работа с сервером не будет отличаться от работы с флешкой.
Я использую наутилус в качестве файлового менеджера.
С редактором надо разобраться.
Есть одно но. Вот пример.
Все отлично с редактором geany, а с gedit почему-то не пишет файл на сервере (но это может какие-то мои заморочки).
Поэтому обратите на это внимание.
А запускать программы на сервере все равно надо через ssh.