scsiman, да, установлен.
Решил проблему обходным путём: открыл многослойный .psd в CMYK с помощью Krita.
Однако и с "separate+" хорошо бы разобраться. Но терзают меня смутные сомнения: последняя версия датируется, кажется, 2007 годом (или 2010-м?). В общем, прога давно не обновлялась, стандартные пути в системе поменялись, библиотеки и зависимости другие... Тут или ставить с помощью make install, что бы она себя жёстко прописала туда, куда задумывалось, либо пересобирать под Ubuntu 16.04. Может кто-то возьмётся?