Linux тем и хорош, что одну задачу можно решить разными средствами.
И к тому, что делает rdiff-backup, стоит добавит возможности создания снимков средствами файловой системы (btrfs/zfs) или через lvm.
Снимки в btrfs (например) тем хороши, что там по сути каждый снимок = полный бекап, только места занимают они как diff-ы.