Выяснилась такая проблема с обновлением 2GIS:
пользуюсь большим количеством городов, постоянно могут висеть несколько городов открытыми.
при автоматическом обновлении просиходит ошибка обновления городов, карты которых в этот момент открыты. остальные города обновляются без ошибок.
Решение:
удалить обновление конкретного города через "Удаление программ Wine" и запустить установку заново.
Ubuntu - 12.04 LTS
Wine - 1.4