я когда обновлял с 9,04 до 9,10 (а точнее, переставлял) - делал так:
весь хом на внешний носитель.
ставим новую Ubuntu с форматированием всего.
ставим нужный софт (благо можно понаставить галок в синаптике и идти пить чай)
копируем на место непосильное нажитое (музыка там, документы и все прочее)
настраиваем гном (копировать .gconf из старой системы я бы не советовал, лучше потратить несколько минут на настройку оформления)
копируем конфиги нужных программ, по одной с флэшки. если программу настроить несложно и недолго - лучше настроить по новой. в противном случае (или если речь о закладках браузреа или архивах почты или контакт-листе мессенджера со всеми логами) - копируем соответствующую папку целиком.
да, не все проги хранят настройки в "~/.имя_проги". некоторые хранят в .config, кдешный софт - в .kde, кое-что из гномовских - в .gnome (но настроить какой-нибудь gedit и все прочее лучше с нуля, если только не нужны бесценные рекорды в сапере). да, не забываем и про .bashrc, если таковой, конечно, менялся как-то особо.
в общем-то, получаем почти что девственно чистую систему