Я где-то на задворках интернета видел дистрибутив, в котором с помощью специального патча ядра файловая система представлялась в виде каталогов Program Files, System и тд, вместо bin, etc, lib и тд. Конечно не совсем то, что нужно, но по крайней мере можно узнать какой патч, как применить его, в отличие от linXP. Сама ФС не меняется, меняется способ ее представления, если примонтировать ее на нормальном ядре, то все становится как обычно.