Вы хотите сказать, что HDD будет бесполезной, потому что на неё ничего не поставить будет?
Что за ерунду ты говоришь?
Во-первых, не совсем понятно, какие такие
программы ты собрался устанавливать. Если речь о
пакетах из репозитория, то - да: они будут устновлены строго в ту иерархию, что была назначена им при компиляции, и ничего с этим не сделать (и не надо делать). С программами, взятыми из сторонних источников, возможны варианты. А с wine самый простой случай: WINEPREFIX (то есть,
место расположения диска С: на твоеми невразумительном слэнге) ты всегда можешь назначить сам. Правда, сам wine - это не та программа, с которой новичок с легкостью управится.